Mərkəzin əsas fəaliyyət istiqaməti məktəblilərə ekoloji təhsil və tərbiyə vermək və Naxçıvan MR-də bu profil üzrə fəaliyyət göstərən məktəbdənkənar müəssisələrə metodiki köməklik göstərməkdir.

Mərkəz 01 Aprel 1970-ci il tarixində Naxçıvan Mərkəzi Gənc Təbiətcilər Stansiyası kimi fəaliyyətə başlamışdır. 08 Oktyabr 1991-ci il tarixdən Stansiyanın bazası əsasında Naxçıvan MR Ekoloji Tərbiyə Mərkəzi yaradılmışdır.